Mata kuliah Kimia Organik II mempelajari tentang Kimia Organik Gusus Fungsi yang mencakup sifat fisika dan sifat kimiawi dari senyawa organik yang meliputi; senyawa organik turunan metil, senyawa organik dengan atom karbon elektrofilik (alkohol, alkil halida, eter dan epoksida, aldehid dan keton, asam karboksilat dan turunannya); senyawa organik dengan atom karbon nukleofilik (alkana, alkena, alkuna dan senyawa aromatic); senyawa alifatik – aromatik; amina, asam amino, peptida, protein, lemak, karbohidtrat dan asam nukleat.